内視鏡センターは、地下１階にあります。気管支鏡検査、胃・食道などの上部消化管検査、大腸・直腸などの下部消化管検査、及び治療を行っています。年間約6500件を超える検査・治療を実施し、医師と協力し合い、安全で安楽な検査・治療を提供することを目標にしています。
下部消化管検査の前処置も検査室内で行うことができるようにトイレを3室（待合室2室、検査室1室）整備し、さらに検査や治療後にゆっくり休んでいただけるスペースも確保しています。

また、ここで行われる手術に関しては、看護師が術前訪問を行い事前の説明や患者さんからの疑問や質問に応じ、少しでも安心して治療に臨めるようお手伝いをしています。
看護師は経験を積み、学習をして消化器内視鏡技師の資格を取得しているスタッフも多く、患者さんに最善の看護ができるよう日々精進しています。

感染予防対策を徹底し標準予防策を実施しています。検査で使用した内視鏡スコープは、使用後に自動洗浄消毒装置（7台所有）を使い高水準消毒を行っています。